Les mostres destinades al SEM han de complir dues condicions: han d’estar seques i ser conductores. El procés d’assecatge s’ha de portar a terme preservant al màxim l’estructura original de la mostra. Per a fer-ho, tenim dues alternatives: usar el mètode clàssic de fixació i deshidratació química que l’usuari fa al laboratori i que finalitza amb l’assecatge per punt crític a les nostres instal·lacions, o utilitzar el modern mètode de fixació física per criofixació que ja està acoblat a un dels microscopis.

En els dos casos la mostra necessita recobrir-se després amb un material que la faça conductora i en permeta l’observació al microscopi.

Recobriment de mostres a baix buit

Amb aquest mètode es fan dos tipus de recobriments: “spputtering” d’or per a obtenir les millors condicions d’imatge i, si es requereix microanàlisi per raigs X, el recobriment per fil de carboni.

Recobriment de mostres a alt buit

Les seues aplicacions van més enllà de la necessitat d’obtenir una mostra conductora per al SEM. Aconsegueix recobriments de gra molt més fi i està preparat per a fer “spputtering” amb diferents metalls. També treballa pel mètode d’evaporació, i així augmenta el rang de possibles elements de recobriment. Utilitza elèctrodes de carboni per a evaporar-lo i obtenir “films” que recobreixen les reixetes destinades al TEM.

Observació de mostres criofixades

El microscopi electrònic de rastreig (SEM) es pot dotar d’un sistema capaç d’observar la mostra a una temperatura molt baixa de manera que la seua preservació estructural és màxima i la capacitat de treball del microscopi no es veu afectada gens, perquè ja no tractem amb una mostra hidratada sinó congelada.

El procés s’inicia fora del microscopi, i refreda la mostra a la màxima velocitat possible mitjançant nitrogen neu. A continuació ja passa al sistema de crioobservació, on es pot fracturar, sublimar el gel superficial i recobrir amb or o carboni per observar-lo i/o analitzar-lo. L’avantatge d’aquest sistema és que es pot observar qualsevol mostra biològica o hidratada amb una preparació mínima i ràpida amb una bona preservació estructural.