La UPV organiza la actividad investigadora y de transferencia de tecnología a través de diferentes estructuras. Entre estas, se pueden citar los departamentos universitarios, los institutos universitarios de investigación i las estructuras propias de investigación (conocidas como EPI, que engloban tanto los centros e institutos de investigación como los centros en red).

Completan esta serie los grupos de I+D+i, que constituyen la organización básica para el desarrollo de la investigación y resultan de la libre agrupación de PDI y de otro personal alrededor de unas determinadas líneas de experimentación.